يكی از واحدها و كارهای منحصر مؤسسه، نقاره زنی است. اين واحد كه ساختمان آن بر فراز بيت الرضا (ع) قرار دارد؛ فعاليت خود را از سال 1380 آغاز نمود. نقاره زنی در آستان مقدس رضوی از گذشته بسيار دور انجام می‌گرفته كه به صورت يک سنت در آمده است. آغاز نقاره زدن بنا بر شواهد تاريخي از اواسط قرن نهم مرسوم گرديده و در طول سال به جز دو ماه محرم و صفر در هر شبانه روز دو نوبت قبل از طلوع و غروب آفتاب به صدا در خواهد آمد و در اعياد مذهبی نقاره شادمانی نواخته می‌شود. بنا بر همين سنت و به پيروی از آستان قدس رضوی نقاره خانه نيز در بيت الرضا (ع) شروع به فعالیت كرد. گروه نقاره بيت الرضا(ع) با تمرين و آموزش توانست در سالروز ولادت امام رضا (ع) كار خود را آغاز نماید. اين گروه با لباس و فرم مخصوص و نظم و شكوه خاصی نقاره را به طرز زيبايی می­ نوازند. فعالیت و نقاره زنی این گروه در زمان­ های خاص ازجمله در بامداد تولد امام رضا (ع)، هنگام بدرقه كاورانيانی كه به طرف مشهد رهسپار می شوند و همچنين در مراسم جشن­ ها و اعياد اسلامی و مناسبت­ های ملی و مذهبی؛ می باشد تا شايد لحظه ای دل­ های محبان امام رضا(ع) را به طرف بارگاه منور آن امام رئوف متوجه سازد.