یکی از واحدها و کارهای منحصر مؤسسه، نقاره زنی است. این واحد که ساختمان آن بر فراز بیت الرضا (ع) قرار دارد؛ فعالیت خود را از سال 1380 آغاز نمود. نقاره زنی در آستان مقدس رضوی از گذشته بسیار دور انجام می‌گرفته که به صورت یک سنت در آمده است. آغاز نقاره زدن بنا بر شواهد تاریخی از اواسط قرن نهم مرسوم گردیده و در طول سال به جز دو ماه محرم و صفر در هر شبانه روز دو نوبت قبل از طلوع و غروب آفتاب به صدا در خواهد آمد و در اعیاد مذهبی نقاره شادمانی نواخته می‌شود. بنا بر همین سنت و به پیروی از آستان قدس رضوی نقاره خانه نیز در بیت الرضا (ع) شروع به فعالیت کرد. گروه نقاره بیت الرضا(ع) با تمرین و آموزش توانست در سالروز ولادت امام رضا (ع) کار خود را آغاز نماید. این گروه با لباس و فرم مخصوص و نظم و شکوه خاصی نقاره را به طرز زیبایی می­ نوازند. فعالیت و نقاره زنی این گروه در زمان­ های خاص ازجمله در بامداد تولد امام رضا (ع)، هنگام بدرقه کاورانیانی که به طرف مشهد رهسپار می شوند و همچنین در مراسم جشن­ ها و اعیاد اسلامی و مناسبت­ های ملی و مذهبی؛ می باشد تا شاید لحظه ای دل­ های محبان امام رضا(ع) را به طرف بارگاه منور آن امام رئوف متوجه سازد.